L'analisi della mutata realtà socio sanitaria mostra come luogo privilegiato per il verificarsi di episodi di “medical malpractice” una struttura organizzata , dove l'attività sanitaria viene tradotta in servizio. Tuttavia raramente nella ricostruzione giudiziaria della vicenda clinica viene preso in esame un disservizio o una disfunzione organizzativa della struttura sanitaria, indagandosi invece sempre sulla colpa personale dell'operatore sanitario o dell'equipe, specie chirurgica, anche in quei casi in cui sia ravvisabile una carenza dell'organizzazione della struttura.
Per alcune statistiche l'85% dei problemi dipende da difetti organizzativi dei sistemi e non da incompetenza degli operatori sanitari. Il SSN presenta criticità in termini di adeguatezza, efficienza e sicurezza dei presìdi, carenze strutturali e di organico, così come è emerso da varie indagini sugli ospedali. Tuttavia si continua ad aprire processi sempre e solo contro i medici e sanitari. Gravi carenze strutturali ed organizzative possono causare danni alla salute del paziente. Alcuni giudici di merito lo hanno affermato contrariamente a ciò che statuisce la Cassazione, (ad esempio Tribunale di Vicenza nel '90, di Monza nel '95, di Varese nel 2003, Venezia nel 2004, di Brescia nel 2004, di Perugia nel 2004 ecc.). Attualmente in presenza di carenze organizzative e/o strutturali la Cassazione sancisce invece l'obbligo del medico d'informare il paziente, eventualmente trasferirlo in un'altra struttura idonea, attivarsi per ovviare alle carenze (Cass. 631/2000; Cass. 6386/2001; Cass. 113167/2003; Cass. 14638/2004; Cass. 8826/2007).